Π.Μ.Σ. "Διδακτική των Βιοεπιστημών"

Περιγραφή Μαθημάτων

ΠΕΡΙΕΧΟΜΕΝΑ ΜΑΘΗΜΑΤΩΝ

ΜΜΒΓ 101 Γονιδιωματική (Geonomics) – Φαινομική (Phenomics) Υ 6

Διδακτικές ώρες: 20

Στόχοι του μαθήματος:

Στόχος του μαθήματος είναι να παρέχει στους μεταπτυχιακούς φοιτητές στις επιστήμες της ζωής πληροφορίες σχετικά με τα πλέον σύγχρονα εργαλεία της γονιδιωματικής και της φαινομικής και τις εφαρμογές τους στη μεταφραστική έρευνα.

ΜΜΒΓ 102 Πρωτεομική (Proteomics – Μεταβολομική (Metabolomics) Υ 6

Διδακτικές ώρες: 20

Διδακτικές ώρες: 20

Στόχοι του μαθήματος:

Στόχος του μαθήματος είναι να παρέχει στους μεταπτυχιακούς φοιτητές στις επιστήμες της ζωής πληροφορίες σχετικά με τα πλέον σύγχρονα εργαλεία της πρωτεομικής και μεταβολομικής και τις εφαρμογές τους στη μεταφραστική έρευνα.

Περιεχόμενα του μαθήματος:

Τα θέματα που διδάσκονται σε αυτή την ενότητα είναι οι βασικές έννοιες και μεθοδολογίες που χρησιμοποιούνται για την περιγραφή των πρωτεϊνικών και μεταβολικών προφίλ ενός βιοσυστήματος, με έμφαση στην φασματομετρία μάζας (mass spectrometry), και τις μικροσυστοιχίες πρωτεϊνών. Δίνεται επίσης έμφαση στη μετάφραση πρωτεϊνικών και μεταβολικών δεικτών σε διαγνωστικούς και προγνωστικούς δείκτες και στις εξατομικευμένες θεραπείες σημαντικών ασθενειών και κατά βάση του καρκίνου, ενώ παρουσιάζονται και θέματα φαρμακομεταβολομικής.Στη θεματική της ενότητας αυτής περιλαμβάνονται και η εισαγωγή στο σχεδιασμό και την παρουσίαση πρωτεϊνικών και μεταβολικών δικτύων που χρησιμοποιούνται στη βιολογία συστημάτων, καθώς και υπολογιστικών εργαλείων για το σχεδιασμό βιοδραστικών μορίων που βρίσκουν εφαρμογή στην ιατρική ακριβείας.

ΜΜΒΓ 103 Βιοπληροφορική (Bionformatics) Υ 6

Διδακτικές ώρες: 20

Στόχος μαθήματος:

Εξοικείωση με τις βασικές αρχές της εφαρμογής της Βιοπληροφορικής στο γνωστικό αντικείμενο του ΠΜΣ, συμπεριλαμβανομένων μεταξύ άλλων των κάτωθι θεμάτων: Εφαρμογές υπολογιστών στη βιολογία, ορισμοί -Η Βιοπληροφορική ως εργαλείο και ερευνητικό πεδίο -Αλγόριθμοι, προγράμματα, η σημασία του διαδικτύου (client-server model) -Βάσεις δεδομένων: Δομή και αναζήτηση πληροφοριών, οι πλέον γνωστές βάσεις δεδομένων -Στοίχιση δύο αλληλουχιών: Σχολαστικοί αλγόριθμοι: Needleman & Wunsch, Smith & Waterman – Πίνακες βαθμολόγησης (PAM, BLOSUM) – Στοίχιση δύο αλληλουχιών: Ευρεστικοί αλγόριθμοι: οι αλγόριθμοι που χρησιμοποιούνται στα προγράμματα BLAST και FASTA -Στοίχιση πολλών αλληλουχιών: Προβλήματα, αλγόριθμοι και ευρέως χρησιμοποιούμενα προγράμματα – Φυλογενετικά δένδρα. Ορισμοί, μορφές δένδρων, Αλγόριθμοι για την δημιουργία δένδρων μέσω στοιχίσεων αλληλουχιών -Πρωτεϊνικά μοτίβα: προσδιορισμός, αναζήτηση, βάσεις δεδομένων και εργαλεία αναζήτησης –Πρόβλεψη ανοικτών πλαισίων ανάγνωσης – Πρόβλεψη μεταγραφικών ρυθμιστικών στοιχείων – Expressed Sequence Tags: ιδιαιτερότητες και προβλήματα -Λειτουργική γενομική και γονιδιακή έκφραση: microarrays. Προβλήματα, αλγόριθμοι, προγράμματα – Εφαρμογές στη Δομική Βιολογία: πρόβλεψη δευτεροταγούς δομής πρωτεϊνών και RNA, πρόβλεψη διαμεμβρανικών τμημάτων, homology modeling, αναγνώριση μοτίβου αναδίπλωσης, ab initio πρόβλεψη πρωτεϊνικής δομής.

ΜΜΒΓ 104 Βιοαπεικονιστικές μέθοδοι (Biomaging) Υ 6

Διδακτικές ώρες: 20

Στόχοι του μαθήματος:

Η απεικόνιση βιολογικών φαινομένων σε κύτταρα,ιστούς και ολόκληρους οργανισμούς αποτελεί μία κεντρική τεχνολογική πλατφόρμα στις βιοεπιστήμες και έχει συμβάλει σε πολλές πρωτοποριακές βιοϊατρικές ανακαλύψεις. Οι τεχνολογίες βιοαπεικόνισης βρίσκουν εφαρμογή σε κάθε πτυχή της σύγχρονης βιολογικής και ιατρικής έρευνας. Οι προσεγγίσεις απεικόνισης και μικροσκοπίας έχουν καταστεί απαραίτητο εργαλείο για τις καθημερινές επιστημονικές δραστηριότητες, διευκολύνοντας τη βασική έρευνα, επιτρέποντας όμως για πρώτη φορά την άμεση απεικόνιση της μοριακής βάσης ανθρώπινων ασθενειών, συμπεριλαμβανομένων του

καρκίνου, των καρδιαγγειακών και νευροεκφυλιστικών διαταραχών, σε ζωντανούς ιστούς και κύτταρα, και σε πραγματικό χρόνο.

Περιεχόμενα του μαθήματος:

1. Fundamentals of microscopy: from molecule to human,

2. Tools in microscopy: fluorescent proteins, biosensors and more,

3. More than 3D imaging in live cells and tissues,

4. Detection of molecular dynamics in cells,

5. Braking nature law: Super-resolution microscopy,

6.Subcellular imaging by combining electron and light microscopy,

7. Functional Imaging in multi-cellular environment and live animals,

8. Non-invasive in vivo imaging : translational research without a knife,

9. Basics of medical imaging (PET, CT, MRI, X-ray),

10. How to make sense out of imaging data: Image processing and data analysis

ΜΜΒΓ 105 Ορθή εργαστηριακή πρακτική και ασφάλεια στο εργαστήριο (Good Laboratory Practices and Laboratory Safety) Υ 3

Διδακτικές ώρες: 10

Στόχοι του μαθήματος:

Στόχος του μαθήματος είναι να έρθουν οι φοιτητές σε επαφή με θέματα που αφορούν σε ασφάλεια στο εργαστήριο που αφορούν σε χημικές ενώσεις, βιολογικούς παράγοντες (μικρόβια, ιούς, βακτήρια), πειραματόζωα, ραδιενέργεια και ακτινοβολίες, και να εισαχθούν σε όλα τα παραπάνω στις ορθές εργαστηριακές πρακτικές.

Περιεχόμενα του μαθήματος:

Ασφάλεια στην εργασία με χημικές ουσίες, Ορθή εργαστηριακή πρακτική, Ασφάλεια στην εργασία με ραδιενέργεια, Ασφάλεια στην εργασία με βιολογικά υλικά, Ασφάλεια στην εργασία με ιούς και βακτήρια, Ορθή εργαστηριακή πρακτική στην εργασία με πειραματόζωα.

ΜΜΒΓ 106 Ανάπτυξη ακαδημαϊκών δεξιοτήτων (Complementary Skills) Υ 3

Διδακτικές ώρες: 10

Στόχοι του μαθήματος:

Στόχος του μαθήματος είναι να παρέχει στο μεταπτυχιακό φοιτητή βασικές κατευθύνσεις και εφόδια σε θέματα που άπτονται της ακαδημαϊκής και επαγγελματικής του προοπτικής και κατάρτισης. Τα παραπάνω θα τον βοηθήσουν στη μετέπειτα πορεία του ως ερευνητή, δασκάλου, επιχειρηματία ή/και στην αναζήτηση εργασίας σε αντίστοιχους τομείς.

Περιεχόμενο του μαθήματος:

Στις προβλεπόμενες εισηγήσεις ο μεταπτυχιακός φοιτητής θα λαμβάνει πληροφορίες από έμπειρους καθηγητές σχετικά με τη μεθοδολογία της έρευνας, τους τρόπους και τα εργαλεία αναζήτησης βιβλιογραφίας, υποδείξεις συγγραφής και παρουσίασης επιστημονικών άρθρων, μηχανισμούς αναζήτησης χρηματοδότησης,την εκπαιδευτική διαδικασία, τη διαμόρφωση ενός βιογραφικού σημειώματος και συνολικά τους τρόπους βελτίωσης της αυτοπροβολής.

ΜΜΒΓ 201 Ταυτοποίηση μοριακών δεικτών (Biomarkers Discovery) Υ 6

Διδακτικές ώρες: 20

Στόχοι του μαθήματος:

Στόχος του μαθήματος είναι να παρέχει στους μεταπτυχιακούς φοιτητές στις επιστήμες της ζωής πληροφορίες σχετικά με τα πλέον σύγχρονα εργαλεία στην ταυτοποίηση μοριακών δεικτών και τις εφαρμογές τους στη μεταφραστική έρευνα.

ΜΜΒΓ 202 Ανάπτυξη φαρμάκων και στοχευμένες θεραπευτικές προσεγγίσεις (Drug development and targeted therapeutics Υ 6

Διδακτικές ώρες: 20

Στόχοι του μαθήματος:

Στόχοι του μαθήματος είναι οι φοιτητές: α) να γνωρίσουν τη διαδικασία ορθολογικού σχεδιασμού και ανάπτυξης φαρμάκων β) να γνωρίσουν τη διαδικασία ανάπτυξης σύγχρονων στοχευμένων θεραπειών (βλαστοκύτταρα, μονοκλωνικά αντισώματα, γονιδιακή θεραπεία) γ) να κατανοήσουν τις δυνατότητες που παρέχουν οι μεθοδολογίες και τους περιορισμούς που έχουν στην εφαρμογή τους και δ) να κατανοήσουν τα προβλήματα που παρουσιάζονται και να μελετήσουν τους πιθανούς τρόπους αντιμετώπισής τους.

Περιεχόμενο του μαθήματος:

Το μάθημα οργανώνεται σε δύο άξονες. Στον πρώτο άξονα παρουσιάζεται αναλυτικά η διαδικασία ανάπτυξης νέων φαρμάκων από την ταυτοποίηση και επικύρωση νέων στόχων και τον ορθολογικό σχεδιασμό νέων φαρμακολογικώς δραστικών μορίων μέχρι τις κλινικές δοκιμές τους. Ο δεύτερος άξονας περιλαμβάνει την παρουσίαση σύγχρονων στοχευμένων θεραπειών που βασίζονται στα βλαστοκύτταρα (εμβρυϊκά, επαγόμενα ή ιστοειδικά), στα μονοκλωνικά αντισώματα και στη γονιδιακή θεραπεία, από την ανάπτυξη τους μέχρι τις πρόσφατες κλινικές δοκιμές και τα αποτελέσματά τους.

ΜΜΒΓ 203 Βιοηθική – Κλινικές δοκιμές (Bioethics – Clinical Trials) Υ 6

Διδακτικές ώρες: 20

Στόχοι του μαθήματος:

Στόχος του μαθήματος είναι να παρέχει στους μεταπτυχιακούς φοιτητές στις επιστήμες της ζωής πληροφορίες σχετικά τη βιοηθική στα σύγχρονα επιστημονικά επιτεύγματα και στις κλινικές δοκιμές που σχετίζονται με τη μεταφραστική έρευνα.

ΜΜΒΓ 204 Μοριακή διάγνωση (Molecular Diagnostics) Υ 6

Διδακτικές ώρες: 20

Στόχοι του μαθήματος:

Στόχοι του μαθήματος είναι να γνωρίσουν οι φοιτητές τις σύγχρονες τεχνολογίες και μεθοδολογικές προσεγγίσεις που χρησιμοποιούνται στη μοριακή διάγνωση, τις αρχές στις οποίες βασίζονται καθώς και να εξοικειωθούν με μια σειρά εφαρμογών στους τομείς της υγείας, του περιβάλλοντος και της αγροβιολογίας.

Περιεχόμενο του μαθήματος:

Το μάθημα περιλαμβάνει μια ενότητα παρουσίασης των τεχνικών που χρησιμοποιούνται στη μοριακή διαγνωστική (όπως PCR, PCR πραγματικού χρόνου, τεχνικές υβριδοποίησης in situ, καρυότυπος και μοριακός καρυότυπος, αλληλούχιση και αλληλούχιση επόμενης γενιάς, κ.α) που διδάσκεται από μέλη ΔΕΠ του τμήματος Μοριακής Βιολογίας και Γενετικής καθώς και επιμέρους ενότητες που εστιάζουν σε συγκεκριμένες μεθόδους που εφαρμόζονται στην υγεία (προγενετικός έλεγχος, κλινική μικροβιολογία, καρκίνος), το περιβάλλον (ανθεκτικότητα εντόμων οικονομικής σημασίας σε εντομοκτόνα) και στον ποιοτικό έλεγχο τροφίμων και διδάσκονται από εξειδικευμένους επιστήμονες με εμπειρία στους συγκεκριμένους τομείς της μοριακής διαγνωστικής.

ΜΜΒΓ 205 Βιοεπιχειρηματικότητα (Bioentrepreneurship) Υ 3

Διδακτικές ώρες: 10

Στόχοι του μαθήματος:

Στόχοι του μαθήματος είναι να εισαχθούν οι φοιτητές σε θέματα σχετικά με τη βιοεπιχειρηματικότητα.

Περιεχόμενο του μαθήματος:

Το μάθημα περιλαμβάνει ενότητες παρουσίασης των παρακάτω θεματικών πεδίων: Bionnovation & BioEntrepreneurship, What makes a biotech entrepreneur,Managing a Biotechnology Company, Production Management, Introduction to Technology Transfer: Research Commercialization Processes in the Life Sciences.

ΜΜΒΓ 206 Παρουσίαση Επιστημονικής Βιβλιογραφίας (Journal Club) Υ3

Διδακτικές ώρες: 10

Στόχοι του μαθήματος:

Στόχοι του μαθήματος είναι να εισαχθούν οι φοιτητές σε θέματα σχετικά με την παρουσίαση της επιστημονικής βιβλιογραφίας.